कॉमन रेल इंजेक्टर के संचालन को निम्नलिखित चरणों में विभाजित किया जा सकता है:
भरने का चरण: उच्च दबाव वाला ईंधन सामान्य रेल से इंजेक्टर के नियंत्रण कक्ष में प्रवाहित होता है, सुई वाल्व को ऊपर की ओर धकेलता है और रिटर्न स्प्रिंग को संपीड़ित करता है; इस बिंदु पर, नोजल छिद्र बंद रहते हैं।
इंजेक्शन से पहले चरण: ईसीयू एक संक्षिप्त पल्स सिग्नल उत्सर्जित करता है, जो सोलनॉइड वाल्व को सक्रिय करता है। नियंत्रण कक्ष के भीतर ईंधन रिटर्न मार्ग से बहकर दबाव कम कर देता है, जिससे सुई वाल्व रिटर्न स्प्रिंग के बल के तहत तेजी से नीचे उतरता है। ईंधन की एक छोटी मात्रा (लगभग 1-3 मिमी³) को बहुत ही कम अवधि (0.1-0.3 एमएस) में सिलेंडर में इंजेक्ट किया जाता है, जिससे एक "पायलट इग्निशन" बनता है जो सिलेंडर को पहले से गर्म करता है और मुख्य इंजेक्शन के लिए अनुकूल परिस्थितियों को स्थापित करता है।
मुख्य इंजेक्शन चरण: ईसीयू सोलनॉइड वाल्व की ऊर्जा अवधि को बढ़ाता है, जिससे नियंत्रण कक्ष में दबाव कम होता रहता है। सुई वाल्व पूरी तरह से खुलता है, और ईंधन की एक बड़ी मात्रा (ऑपरेटिंग स्थितियों के आधार पर दसियों से सैकड़ों मिमी³ तक) को उच्च दबाव (200 एमपीए से अधिक) पर सिलेंडर में इंजेक्ट किया जाता है, जिससे एक समान रूप से परमाणु ईंधन स्प्रे बनता है जो दहन के लिए हवा के साथ अच्छी तरह से मिश्रित होता है।
इंजेक्शन के बाद का चरण: मुख्य इंजेक्शन के समापन के बाद, ईसीयू थोड़ी मात्रा में ईंधन के विलंबित इंजेक्शन को निष्पादित करने के लिए एक और संक्षिप्त पल्स सिग्नल उत्सर्जित करता है। यह निकास गैस के तापमान को कम करने (उदाहरण के लिए, ईजीआर सिस्टम के लिए) या पार्टिकुलेट मैटर के ऑक्सीकरण को सुविधाजनक बनाने (उदाहरण के लिए, डीपीएफ पुनर्जनन के लिए) का काम करता है।
